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平成21年 8月21日
　行政経営改革委員会から「外郭団体および公の施設の見直しに関する提言」が提出される。
（提言内容）
老朽化により会館機能を維持できないことから、廃止が適当である。ただし 3，600 点を超える寄託品を含め5，000点以上の文化財を収蔵しており、 別の展示保存施設が確保されるまでの間は、必要な管理を行うこと。


平成21年12月
　 滋賀県として「外郭団体および公の施設見直し計画」が策定される。
（方　　針）
　建設後半世紀経過し、収蔵庫・展示室も手狭となっていますが、増改築が困難であり、新たな収蔵品の収集、保管、展示に影響を与えるため､ 現施設の機能は廃止します。別の展示保存施設の確保に努めますが、確保までの間、休館中の現施設において保管を継続します。
（具体的取り組み内容）
�@ 当分の間、現施設において保管を継続するとともに、収蔵品の活用を図るため、他の博物館等で展示等を行います。
�A 別の展示保存施設が確保できるまでの間、現施設の継続利用の適否について検討するため、必要な対応を行います。
�B 琵琶湖文化館が果たしている機能を継承するため、別の展示保存施設確保のため基本的な考え方を整理し、財政状況等を踏まえながら、平成24年度までに検討を終えます。